側面のカバーはどう有るべきか

カバーを閉めること筐体中の流路の風速が上がります（負圧の確保）、筐体内の空気を十分排気出来るファンを用いた強制空冷ならカバーを閉めたほうが良いでしょう。自然空冷（筐体のファンが非力、CPUファンのみ実力十分）であればカバーは無い方が良いかと。

実際に試すのが何より大事ですよ。ケースバイケースなので。経験的には強力で強大なファンがついてエアフローを徹底化したケースじゃない限り、カバー外してむき出しにしたほうが冷えます。